| 1 | 2 | 29 | 戸田 雅稀 (東京) | 日清食品ｸﾞﾙｰﾌﾟ | 3:46.66 |
| 2 | 1 | 82 | 冨田 三貴 (福岡) | 西鉄 | 3:47.10 |
| 3 | 3 | 70 | 加藤 光 (東京) | JR東日本 | 3:47.49 |
| 4 | 5 | 79 | 遠藤 日向 (福島) | 学法石川高 | 3:48.28 |
| 5 | 12 | 72 | 高田 康暉 (兵庫) | 住友電工 | 3:48.53 |
| 6 | 9 | 85 | 仲村 尚毅 (兵庫) | 関西学院大 | 3:48.69 |
| 7 | 4 | 33 | 中川 智春 (愛知) | トーエネック | 3:49.04 |
| 8 | 7 | 66 | 秋本 優紀 (兵庫) | 山陽特殊製鋼 | 3:49.40 |
| 9 | 11 | 73 | 西岡 喬介 (広島) | 中電工 | 3:50.42 |
| 10 | 8 | 65 | 今﨑 俊樹 (大阪) | 大阪ガス | 3:52.69 |
| 11 | 6 | 63 | 秦 将吾 (愛媛) | 山梨学院大 | 3:54.69 |
| 12 | 10 | 75 | 牟田 祐樹 (千葉) | 日立物流 | 3:58.50 |