| 1 | 7 | 75 | 牟田 祐樹 (千葉) | 日立物流 | 3:45.22 |
| 2 | 10 | 33 | 中川 智春 (愛知) | トーエネック | 3:45.39 |
| 3 | 14 | 72 | 高田 康暉 (兵庫) | 住友電工 | 3:45.44 |
| 4 | 11 | 66 | 秋本 優紀 (兵庫) | 山陽特殊製鋼 | 3:45.64 |
| 5 | 3 | 63 | 秦 将吾 (愛媛) | 山梨学院大 | 3:46.07 |
| 6 | 6 | 69 | 前田 恋弥 (千葉) | 明治大 | 3:46.45 |
| 7 | 15 | 60 | 岡﨑 達郎 (大阪) | 大阪ガス | 3:46.94 |
| 8 | 8 | 86 | 田母神 一喜 (福島) | 中央大 | 3:48.18 |
| 9 | 2 | 99 | 冨原 拓 (香川) | 中央大 | 3:48.29 |
| 10 | 9 | 92 | 齋藤 雅英 (東京) | 早稲田大 | 3:48.66 |
| 11 | 4 | 95 | 中西 玄気 (愛知) | 愛三工業 | 3:49.40 |
| 11 | 1 | 80 | 大西 毅彦 (京都) | 京都陸協 | 3:49.40 |
| 13 | 5 | 57 | 廣瀬 大貴 (大阪) | 大阪ガス | 3:49.92 |
| 14 | 13 | 89 | 大手 敬史 (熊本) | 日本体育大 | 3:50.55 |
| 15 | 12 | 83 | 樋口 正明 (京都) | SGHグループ | 3:50.71 |