| 1 | 12 | 65 | 今﨑 俊樹 (大阪) | 大阪ガス | 3:45.78 |
| 2 | 10 | 82 | 冨田 三貴 (福岡) | 西鉄 | 3:45.88 |
| 3 | 15 | 70 | 加藤 光 (東京) | JR東日本 | 3:46.05 |
| 4 | 3 | 59 | 監物 稔浩 (大阪) | NTT西日本 | 3:46.23 |
| 5 | 4 | 81 | 横川 巧 (群馬) | 中央学院大 | 3:46.26 |
| 6 | 8 | 58 | 堀 龍彦 (福岡) | 東洋大 | 3:46.69 |
| 7 | 14 | 94 | 野田 一貴 (徳島) | 大塚製薬 | 3:50.38 |
| 8 | 13 | 78 | 浜田 泰輔 (奈良) | 関西学院大 | 3:50.90 |
| 9 | 6 | 93 | 木村 直也 (北海道) | 滝川市役所 | 3:51.13 |
| 10 | 9 | 88 | 河村 一輝 (岐阜) | 明治大 | 3:51.58 |
| 11 | 11 | 87 | 高林 祐介 (愛知) | ＴＨＲＲ | 3:51.87 |
| 12 | 2 | 71 | 神谷 天地 (兵庫) | 関西学院大 | 3:51.92 |
| 13 | 7 | 98 | 中谷 浩崇 (神奈川) | 慶應義塾大 | 4:03.82 |
| 5 | 64 | 安齋 宰 (神奈川) | 順天堂大 | 欠場 | |
DNS | |||||
| 1 | 77 | 松村 陣之助 (山口) | 城西大 | 欠場 | |
DNS | |||||